„Mit dem wirtschaftswissenschaftlichen Gymnasium haben wir ein Alleinstellungsmerkmal in unserer Region“, begründet Landrat Eckstein die Wahl. Außerdem spiele eine wirtschaftswissenschaftliche Kompetenz eine immer größere Rolle im späteren Berufsleben der Schüler. In Anbetracht des Ingenieurmangels und guter Berufsperspektiven im technischen Bereich war für Eckstein die naturwissenschaftlich-technologische Ausbildungsrichtung gesetzt.

Von der fünften bis zur siebten Jahrgangsstufe unterscheidet sich der Unterricht nicht. Erst danach müssen sich die Schüler für eine der beiden künftig angebotenen Ausbildungsrichtungen entscheiden. Im naturwissenschaftlich-technologischen Zweig stehen von der achten bis zur zehnten Klasse insgesamt sechs Wochenstunden für praktische Übungen in Chemie und Physik zur Verfügung. Für die Schüler beginnt bereits ab der achten Klasse der Chemie- und ab der neunten Klasse der Informatikunterricht.

Auf dem wirtschaftswissenschaftlichen Zweig beginnt das Fach Wirtschafts- und Rechtslehre dafür bereits in der achten Klasse; in der zehnten Klasse können die Schüler mit zwei zusätzlichen Profilstunden dieses Wissen vertiefen. Von der achten bis zur zehnten Jahrgangsstufe werden die Gymnasiasten mit insgesamt sechs Wochenstunden in Wirtschaftsinformatik unterrichtet, und in der neunten Klasse gibt es zwei zusätzliche Stunden im Fach Sozialkunde. Ab der elften Klasse sind alle Schüler dann in der Kollegstufe und die bisherigen Ausbildungsrichtungen spielen keine Rolle mehr.

Das Kultusministerium hat inzwischen auch entschieden, dass ab September 2010 an drei Gymnasien Vorläuferklassen für Wendelstein gebildet werden: am Gymnasium Roth, am Leibniz-Gymnasium Altdorf und am Martin-Behaim-Gymnasium in Nürnberg. Dort werden die Fünftklässler ab dem nächsten Schuljahr unterrichtet, bis der Neubau für das Gymnasium Wendelstein bezugsfertig ist.

Im September 2012 ziehen die Schüler, die sich dann in der sechsten und siebten Jahrgangstufe befinden, nach Wendelstein um. Durch diese Vorläuferklassen an den drei Partnerschulen können die Räume im neuen Gymnasium Wendelstein zum Start sofort besser ausgelastet werden.

Im Frühjahr 2009 hat Bayerns Kultusminister Dr. Ludwig Spaenle genehmigt, dass in Wendelstein ein neues Gymnasium errichtet werden darf. Bereits im Juni 2009 wurden die Formalia für den Architektenwettbewerb im EU-Amtsblatt veröffentlicht. Im Oktober wurde der Architektenwettbewerb entschieden: Das Büro Fuchs und Rudolph Architekten aus München hat sich unter 31 eingereichten Arbeiten für das Gymnasium Wendelstein durchgesetzt.

Spätestens im Sommer 2010 sollen die Baumaschinen anrollen. Im September 2012 soll das Gymnasium Wendelstein, nach Hilpoltstein und Roth das dritte Gymnasium im Landkreis Roth, bereits seinen Betrieb aufnehmen. Für den Schulneubau sowie die Sporthalle sind laut Kämmerer Jürgen Lafére im Haushalt rund 30 Millionen Euro veranschlagt.