Darüber hinaus überführt das WHG bisher im Landesrecht normierte Bereiche in Bundesrecht, soweit ein Bedürfnis nach bundeseinheitlicher Regelung besteht. Es schafft auch die Voraussetzungen für eine bundesweit einheitliche Umsetzung des EG-Wasserrechts. Mit dem neuen WHG werden auf Bundesebene erstmals einheitliche Vorgaben zur Bewirtschaftung der oberirdischen Gewässer, der Küstengewässer und des Grundwassers geschaffen.

Mit Inkrafttreten des neuen WHG wurden durch den Vorrang des Bundesrechts weite Teile des bisherigen BayWG unwirksam. Um eine sichere Rechtsanwendung des Bayerischen Landesrechts im Bereich wasserrechtlicher Bestimmungen für die Bürger zu gewährleisten und Störungen im Vollzug zu vermeiden, musste das BayWG an das neue Bundesrecht angepasst werden.

Die wichtigsten Neuregelungen des WHG im Überblick:

• Zu den allgemeinen Grundsätzen der Gewässerbewirtschaftung gehört künftig auch, den möglichen Folgen des Klimawandels vorzubeugen.
  Um die Rechtsklarheit zu verbessern, wird der für das gesamte Wasserrecht bedeutsame Katalog der Begriffsbestimmungen erweitert und aufeinander abgestimmt.
   
• Das Gesetz normiert zentrale Grundsätze zum Eigentum an Gewässern. Das Wasser eines fließenden oberirdischen Gewässers und das Grundwasser sind danach nicht eigentumsfähig.
   
• Das bisherige System der behördlichen Zulassungsinstrumente für wasserwirtschaftliche Vorhaben wird harmonisiert, die sog. gehobene Erlaubnis künftig bundeseinheitlich geregelt. Die Voraussetzungen für die Erteilung von Erlaubnis und Bewilligung von Gewässerbenutzungen werden dem Standard des modernen Umweltrechts angepasst. Dabei wird das wasserbehördliche Bewirtschaftungsermessen nun gesetzlich ausdrücklich festgeschrieben.
   
• Die Vorschriften über die Bewirtschaftung oberirdischer Gewässer werden um Regelungen zur Mindestwasserführung, Durchgängigkeit und Wasserkraftnutzung sowie zu Gewässerrandstreifen erweitert. Die Regelungen, auf die man sich nur nach langen und schwierigen Verhandlungen einigen konnte, gleichen dabei Nutzungs- und Schutzinteressen aus. Beispielsweise sind geeignete Maßnahmen zum Schutz der Fischpopulation künftig Voraussetzung für die Nutzung der Wasserkraft.
   
• Erstmals enthält das Wasserhaushaltsgesetz auch Vorschriften zu den Grundsätzen der öffentlichen Wasserversorgung. Die Versorgung der Bevölkerung mit Wasser ist die wichtigste Nutzung der Gewässer.
   
• Auch das bisherige Rahmenrecht zur Abwasserbeseitigung wird zu einer Vollregelung ausgebaut. Der bisherige § 18a Abs. 2a WHG wird nicht fortgeführt, die Übertragung der Abwasserbeseitigungspflicht auf Private bleibt wie bisher – jetzt unmittelbar kraft der Verfassung - dem Landesrecht überlassen.
   
• Die gesetzlichen Vorschriften zum Umgang mit wassergefährdenden Stoffen werden verschlankt. Nähere Einzelheiten zur Bestimmung der wassergefährdenden Stoffe sowie zu den Anforderungen an die Anlagensicherheit bleiben einer Regelung durch Bundesverordnung vorbehalten.
   
• Beim Hochwasserschutz werden die Vorgaben der Hochwasserschutzrichtlinie in einem eigenen Abschnitt umgesetzt. Gleichzeitig werden die Vorschriften des Hochwasserschutzgesetzes von 2005 zu einer Vollregelung ausgebaut.
   
• Erstmals ermächtigt das neue WHG die zuständigen Behörden, den Eigentümern und Nutzungsberechtigten von Grundstücken und Gewässern unter Beachtung des Grundsatzes der Verhältnismäßigkeit verschiedene Duldungs- oder Gestattungspflichten aufzuerlegen, um bestimmte wasserwirtschaftlich notwendige Maßnahmen durchzusetzen.
   
• Weitere Regelungen zu Detailfragen der Wasserwirtschaft sowohl im Bereich des materiellen wie auch des formellen Rechts verlagert das WHG auf die Verordnungsebene.
   

Gegenüber dem Bundesrecht abweichende Regelungen im BayWG:

Nach Art. 72 Abs. 3 Satz 1 GG können die Länder auf dem Gebiet des Wasserhaushalts abweichende Regelungen treffen. Das BayWG sieht in folgenden Bereichen  Abweichungen vom Bundesrecht vor:

• Anwendungsbereich (Art. 1 BayWG, abweichend von § 2 Abs. 2 WHG)
   
• Beschränkte Erlaubnis (Art. 15 BayWG, abweichend von §10 Abs. 1 und § 15 WHG)
   
• Benutzung zu Zwecken der Fischerei (Art. 19 BayWG, abweichend von § 25 Satz 3 Nr. 2 WHG)
   
• Ausweisung von Gewässerrandstreifen (Art. 21 BayWG, abweichend von § 38 Abs. 2 bis 5 WHG)
   
• Übertragung der Unterhaltungslast (Art. 23 BayWG, abweichend von § 40 Abs. 2 WHG)
   
• Besondere Pflichten im Interesse der Unterhaltung (Art. 25 BayWG, abweichend von § 41 Abs. 4 WHG)
   
• Festsetzung der Kostenbeiträge, des Kostenersatzes und der Kostenvorschüsse bei der Gewässerunterhaltung (Art. 27 BayWG, abweichend von § 42 Abs. 2 WHG)
   
• Erdaufschlüsse (Art. 30 BayWG, abweichend von § 49 WHG)
   
• Ausgleich für schutzgebietsbedingte Belastungen (Art. 32 BayWG, abweichend von § 52 Abs. 5 WHG)
   
• Gewässerschutzbeauftragte bei Körperschaften (Art. 38 BayWG, abweichend von § 64 Abs. 1 WHG)
   
• Überschwemmungsgebiete an oberirdischen Gewässern (Art. 46 BayWG, abweichend von § 78 Abs. 1 Nr. 8 WHG)
   
• Besondere Zuständigkeit bei integrierten Verfahren (Art. 64 BayWG, abweichend von § 19 Abs. 2 WHG)
   
• Verfahrensbestimmungen (Art. 69 BayWG, abweichend von § 18 Abs. 2, § 21 Abs. 1, § 70 Abs. 1 WHG)